Les coronavirus sont un groupe de virus à ARN apparentés qui provoquent des maladies chez les mammifères et les oiseaux . Chez les humains et les oiseaux, ils provoquent des infections des voies respiratoires qui peuvent aller de légères à mortelles. Les maladies bénignes chez l’homme comprennent certains cas de rhume (qui est également causé par d’autres virus , principalement des rhinovirus ), tandis que des variétés plus mortelles peuvent causer le SRAS , le MERS et le COVID-19 . Chez les vaches et les porcs, ils provoquent la diarrhée , tandis que chez la souris, ils provoquent une hépatite et une encéphalomyélite .
Les coronavirus constituent la sous – famille des Orthocoronavirinae , de la famille des Coronaviridae , de l’ordre des Nidovirales et du royaume des Riboviria. Ce sont des virus enveloppés avec un génome d’ ARN simple brin de sens positif et une nucléocapside de symétrie hélicoïdale.La taille du génome des coronavirus varie d’environ 26 à 32 kilobases , l’une des plus importantes parmi les virus à ARN. Ils ont des pointes en forme de club caractéristiques qui se projettent de leur surface, qui enles micrographies électroniques créent une image qui rappelle la couronne solaire , d’où leur nom dérive.
Étymologie
Le nom «coronavirus» est dérivé du latin corona , qui signifie «couronne» ou «couronne», lui-même emprunté au grec κορώνη korṓnē , «guirlande, couronne».Le nom a été inventé par June Almeida et David Tyrrell qui ont d’abord observé et étudié les coronavirus humains. Le mot a été utilisé pour la première fois dans la presse écrite en 1968 par un groupe informel de virologues dans la revue Nature pour désigner la nouvelle famille de virus. Le nom fait référence à l’apparence caractéristique des virions (la forme infectieuse du virus) par microscopie électronique, qui ont une frange de grandes projections de surface bulbeuses créant une image rappelant la couronne solaire ou le halo. Cette morphologie est créée par les peplomers de pointe virale , qui sont des protéines à la surface du virus.
Le nom scientifique Coronavirus a été accepté comme nom de genre par le Comité international pour la nomenclature des virus (renommé plus tard Comité international sur la taxonomie des virus ) en 1971. À mesure que le nombre de nouvelles espèces augmentait, le genre a été divisé en quatre genres , à savoir Alphacoronavirus , Betacoronavirus , Deltacoronavirus et Gammacoronavirus en 2009. Le nom commun coronavirus est utilisé pour désigner tout membre de la sous-famille Orthocoronavirinae En 2020, 45 espèces sont officiellement reconnues.
Histoire
Les premiers rapports d’infection à coronavirus chez les animaux sont survenus à la fin des années 1920, lorsqu’une infection respiratoire aiguë de poulets domestiques est apparue en Amérique du Nord. Arthur Schalk et MC Hawn en 1931 ont fait le premier rapport détaillé qui a décrit une nouvelle infection respiratoire de poulets dans le Dakota du Nord . L’infection des poussins nouveau-nés était caractérisée par un halètement et une apathie avec des taux de mortalité élevés de 40 à 90%. Leland David Bushnell et Carl Alfred Brandly ont isolé le virus qui a causé l’infection en 1933. Le virus était alors connu sous le nom de virus de la bronchite infectieuse(IBV). Charles D. Hudson et Fred Robert Beaudette ont cultivé le virus pour la première fois en 1937. Le spécimen est devenu connu sous le nom de souche Beaudette. À la fin des années 1940, deux autres coronavirus animaux, le JHM qui provoque une maladie cérébrale (encéphalite murine) et le virus de l’hépatite de la souris (MHV) qui provoque une hépatite chez la souris, ont été découverts.On ne s’est pas rendu compte à l’époque que ces trois virus différents étaient liés.
Les coronavirus humains ont été découverts dans les années 1960 utilisant deux méthodes différentes au Royaume-Uni et aux États-Unis. EC Kendall, Malcolm Bynoe et David Tyrrell travaillant à la Common Cold Unit du British Medical Research Council ont recueilli un virus du rhume unique désigné B814 en 1961. Le virus ne pouvait pas être cultivé en utilisant des techniques standard qui avaient réussi à cultiver des rhinovirus , des adénovirus et d’autres virus connus du rhume. En 1965, Tyrrell et Bynoe ont réussi à cultiver le nouveau virus enen le passant en série à travers la culture d’organes de la trachée embryonnaire humaine . La nouvelle méthode de culture a été introduite au laboratoire par Bertil Hoorn. Le virus isolé lorsqu’il a été inoculé par voie intranasale à des volontaires a provoqué un rhume et a été inactivé par l’ éther qui a indiqué qu’il avait une enveloppe lipidique . Dorothy Hamre et John Procknow à l’ Université de Chicago ont isolé un nouveau rhume d’étudiants en médecine en 1962. Ils ont isolé et ont grandi le virus dans la culture de tissu rénal, le désignant 229E. Le nouveau virus a provoqué un rhume chez des volontaires et, comme le B814, a été inactivé par l’éther.
Micrographie électronique à transmission du coronavirus OC43 de culture d’organes
La virologue écossaise June Almeida à l’ hôpital St. Thomas de Londres, en collaboration avec Tyrrell, a comparé les structures de l’IBV, B814 et 229E en 1967. En utilisant la microscopie électronique, les trois virus se sont avérés être morphologiquement liés par leur forme générale et des pointes distinctives en forme de club . Un groupe de recherche à l’ Institut national de la santé la même année a pu isoler un autre membre de ce nouveau groupe de virus en utilisant la culture d’organes et a nommé l’un des échantillons OC43 (OC pour la culture d’organes). Comme B814, 229E et IBV, le nouveau virus du rhume OC43 avait des pointes en forme de club distinctives lorsqu’il était observé au microscope électronique.
On a rapidement montré que les nouveaux virus du rhume de type IBV étaient également morphologiquement liés au virus de l’hépatite de la souris. Ce nouveau groupe de virus a été nommé coronavirus après leur aspect morphologique distinctif. Le coronavirus humain 229E et le coronavirus humain OC43 ont continué à être étudiés dans les décennies suivantes. La souche de coronavirus B814 a été perdue. On ne sait pas de quel coronavirus humain il s’agissait. D’autres coronavirus humains ont depuis été identifiés, notamment le SRAS-CoV en 2003, le HCoV NL63 en 2003, le HCoV HKU1 en 2004, le MERS-CoV en 2013 etSRAS-CoV-2 en 2019. Un grand nombre de coronavirus animaux ont également été identifiés depuis les années 1960.
