La première pierre avait été posée par le président Léopold Sédar Senghor le 14 janvier 1975.
Créée officiellement par la loi no 90-03 du 2 janvier 1990, l’UGB accueille sa première cohorte d’étudiants (600) le 17 décembre 1990, dans le cadre d’un statut provisoire.
Elle est dotée d’un statut définitif par le décret no 96-597 du 10 juillet 1996 et d’un nom par le décret no 96-1016 du 4 décembre 1996.
Sa dénomination rend hommage au philosophe franco-sénégalais Gaston Berger, né à Saint-Louis, également connu en tant que père du danseur Maurice Béjart. Cependant, il n’est pas rare de trouver des personnes qui désignent l’institution sous le nom de l’université de Saint-Louis (peut-être par le même phénomène qui amène certains à appeler l’UCAD par le nom d’université de Dakar).
Le 15 mai 2018, des étudiants, en réaction à la mort de Mouhamadou Fallou Sène, étudiant en deuxième année de lettres modernes 1- à l’issue d’une altercation avec des forces de l’ordre – réquisitionnées par le recteur Baydalaye Kane pour empêcher la tenue d’une journée de protestation sans ticket, saccagent et mettent le feu au rectorat et à la direction du CROUS. Ils réclament en outre le départ du ministre de l’enseignant supérieur Mary Teuw Niane.
